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Le comité des directeurs de laboratoires est composé du directeur du CRM, des directeurs des dix laboratoires et des directeurs adjoints du Centre. Il se réunit au moins une fois par année pour discuter de toute question concernant les laboratoires. Les directeurs des laboratoires sont:

- Steven Boyer (UQAM) — CIRGET - géométrie et topologie
- François Bergeron (UQAM) — LaCIM - combinatoire et informatique théorique
- Henri Darmon (McGill) — CICMA - théorie des nombres, etc.
- André Fortin (Laval) — GIREF - modélisation et simulation numériques
- John Harnad (Concordia) — Physique mathématique
- Michael Hilke (McGill) — INTRIQ - informatique quantique
- Dmitri Jakobson (McGill) — Analyse mathématique
- Jean-Marc Lina (ÉTS) — PhysNum - imagerie
- Eliot Fried (UdeM) — Mathématiques appliquées
- Louis-Paul Rivest (Laval) — Statistique